No Plan Estratéxico 2019-2023 Elhuyar púxose como obxectivo ser una organización máis verde. Neste sentido, realizou traballos paira mellorar a eficiencia enerxética do edificio e así reducir a súa pegada de carbono. As dúas obras principais consistiron en mellorar o illamento do edificio e en dar un paso adiante na soberanía enerxética coa utilización de enerxía solar, mediante unha instalación de autoconsumo. Paira iso contou coa colaboración da cooperativa Goiener, da que é socio Elhuyar, relación que se consolidou nos últimos anos. Por unha banda, Goiener ofreceu apoio a Elhuyar paira mellorar a eficiencia enerxética e, por outro, Elhuyar compartiu con Goiener os seus coñecementos nos campos do eúscaro e da participación cidadá, á vez que incorporou un enfoque paira mellorar a eficiencia enerxética na divulgación científica.

No camiño cara á consecución dunha entidade máis verde, Elhuyar colocou 126 paneis solares na cuberta da súa sede principal, cos que cubriu una superficie de 252 m2. Estas placas foltovoltaicas, de 47 kW de potencia, xerarán o 35 % da enerxía anual consumida por Elhuyar, e o 31 % será un excedente enerxético que se incorporará á rede. Esta instalación evitará a emisión de case 17 toneladas de CO2 ao ano. O CO2 absorbido por ano será equivalente ao absorbido por 1.882 árbores. O proxecto de instalación de autoconsumo foi realizado pola cooperativa Nafarkoop do grupo Goiener.

Ademais da instalación de paneis solares, realizáronse obras de mellora do edificio, tanto de illamento como de aspecto, dándolle una imaxe máis moderna no contexto do 50 aniversario. Así, rehabilitouse e illado a fachada, illouse a cuberta e cambiáronse as xanelas. Con estes traballos de mellora espérase reducir o gasto enerxético anual do edificio nun 24 % e as emisións anuais de CO2 nun 16,8 %. 

Dentro desta estratexia apostouse tamén polo vehículo eléctrico, coa instalación de dous puntos de recarga no edificio e o salto á utilización de vehículos híbridos enchufables. 

Paira levar a cabo estes traballos investíronse 260.000 euros, un 31 % subvencionado polo Ente Vasco da Enerxía.