En el Plan Estratégico 2019-2023 Elhuyar se puso como objetivo ser una organización más verde. En este sentido, ha realizado trabajos para mejorar la eficiencia energética del edificio y así reducir su huella de carbono. Las dos obras principales han consistido en mejorar el aislamiento del edificio y en dar un paso adelante en la soberanía energética con la utilización de energía solar, mediante una instalación de autoconsumo. Para ello ha contado con la colaboración de la cooperativa Goiener, de la que es socio Elhuyar, relación que se ha consolidado en los últimos años. Por un lado, Goiener ha ofrecido apoyo a Elhuyar para mejorar la eficiencia energética y, por otro, Elhuyar ha compartido con Goiener sus conocimientos en los campos del euskera y de la participación ciudadana, al tiempo que ha incorporado un enfoque para mejorar la eficiencia energética en la divulgación científica.

En el camino hacia la consecución de una entidad más verde, Elhuyar ha colocado 126 paneles solares en la cubierta de su sede principal, con los que ha cubierto una superficie de 252 m2. Estas placas foltovoltaicas, de 47 kW de potencia, generarán el 35 % de la energía anual consumida por Elhuyar, y el 31 % será un excedente energético que se incorporará a la red. Esta instalación evitará la emisión de casi 17 toneladas de CO2 al año. El CO2 absorbido por año será equivalente al absorbido por 1.882 árboles. El proyecto de instalación de autoconsumo ha sido realizado por la cooperativa Nafarkoop del grupo Goiener.

Además de la instalación de paneles solares, se han realizado obras de mejora del edificio, tanto de aislamiento como de aspecto, dándole una imagen más moderna en el contexto del 50 aniversario. Así, se ha rehabilitado y aislado la fachada, se ha aislado la cubierta y se han cambiado las ventanas. Con estos trabajos de mejora se espera reducir el gasto energético anual del edificio en un 24 % y las emisiones anuales de CO2 en un 16,8 %. 

Dentro de esta estrategia se ha apostado también por el vehículo eléctrico, con la instalación de dos puntos de recarga en el edificio y el salto a la utilización de vehículos híbridos enchufables. 

Para llevar a cabo estos trabajos se han invertido 260.000 euros, un 31 % subvencionado por el Ente Vasco de la Energía.