En el Pla Estratègic 2019-2023 Elhuyar es va posar com objectiu ser una organització més verda. En aquest sentit, ha fet treballs per millorar l'eficiència energètica de l'edifici i així reduir la seva petjada de carboni. Les dues obres principals han consistit en millorar l'aïllament de l'edifici i en fer un pas endavant en la sobirania energètica amb la utilització d'energia solar, mitjançant una instal·lació d'autoconsum. Per això ha contat amb la col·laboració de la cooperativa Goiener, de la que és soci Elhuyar, relació que s'ha consolidat en els últims anys. D'una banda, Goiener ha ofert suport a Elhuyar per millorar l'eficiència energètica i, per altre, Elhuyar ha compartit amb Goiener els seus coneixements en els camps del basc i de la participació ciutadana, al mateix temps que ha incorporat un enfocament per millorar l'eficiència energètica en la divulgació científica.

En el camí cap a la consecució d'una entitat més verda, Elhuyar ha col·locat 126 panells solars en la coberta de la seva seu principal, amb els que ha cobert una superfície de 252 m². Aquestes plaques foltovoltaicas, de 47 kW de potència, generaran el 35% de l'energia anual consumida per Elhuyar, i el 31% serà un excedent energètic que s'incorporarà a la xarxa. Aquesta instal·lació evitarà l'emissió de gairebé 17 tones de CO₂ a l'any. El CO₂ absorbit per any serà equivalent a l'absorbit per 1.882 arbres. El projecte d'instal·lació d'autoconsum ha estat fet per la cooperativa Nafarkoop del grup Goiener.

A més de la instal·lació de panells solars, s'han fet obres de millora de l'edifici, tant d'aïllament com d'aspecte, fent-li una imatge més moderna en el context del 50 aniversari. Així, s'ha rehabilitat i aïllat la façana, s'ha aïllat la coberta i s'han canviat les finestres. Amb aquests treballs de millora s'espera reduir la despesa energètica anual de l'edifici en un 24% i les emissions anuals de CO₂ en un 16,8%. 

Dins d'aquesta estratègia s'ha apostat també pel vehicle elèctric, amb la instal·lació de dos punts de recàrrega en l'edifici i el salt a la utilització de vehicles híbrids endollables. 

Per dur a terme aquests treballs s'han invertit 260.000 euros, un 31% subvencionat per l'Ens Basc de la Energia .